Ohjeissa lukee, että polttopuiden varastoinnissa on tärkeintä, että puut pysyvät kuivina. Kosteus vaikuttaakin olennaisesti lämpöarvoon sekä myös palamiseen tulisijassa.
Sopivin polttopuun kosteus on 15–20 %. Mitä kuivempaa puu on, sitä suurempi on sen lämpöarvo. Jos poltetaan 10 kg koivua, jonka kosteus on 20 % tai samankokoinen erä, jonka kosteus on 40 %, on kuivemman puuerän energiasisältö noin 30 % korkeampi. Kaatotuoreen puun kosteus on yleensä 45–55 %. Normaalina keväänä ja kesänä hyvin pinottu ja peitelty puu kuivaa jo tulevaksi talveksi 20 prosentin tavoitekosteuteen.
Kun kuivaa polttopuuta tulee kuorma pihalle, voi kasan peittää väliaikaisesti vaikkapa kevytpeitteellä, mutta hyvä olisi hoitaa puut nopeasti sateen alta varastoon. Osa polttopuun myyjistä toimittaa puita suurissa klapisäkeissä. Jos pino tai säkki jää pitemmäksi aikaa ulos, se pitää peittää huolella. Silloin on huolehdittava myös kosteuden haihtumisesta eli puiden ja niitä peittävän muovin tai peitteen väliin on jätettävä ilmarako, jotta ilma kiertää. Puita ei myöskään saa jättää maata vasten, vaan käyttää aluspuita. Ilman pitää kiertää myös pinon alla. Kastuneet puut homehtuvat ja liian kostean puun polttaminen heikentää hengitettävän ilman laatua. Parasta olisi saada puut katon alle. Tosin puita ei voi pinota minne vain. Varastointiin liittyy paloturvallisuusmääräyksiä.
Sisällä asuinrakennuksessa saa säilyttää polttopuita seuraavaa polttokertaa varten, mutta korkeintaan 0,5 m³, ellei niitä säilytetä erillisessä osastoidussa tilassa. Tällaisia tiloja ovat yleensä esim. autotallit, mutta paloturvallisuusmääräysten mukaan autotallissakaan ei voi varastoida yhtä aikaa polttopuita ja moottoriajoneuvoa. Polttopuita ei myöskään voi pinota asuinrakennuksen vierustalle räystään alle, koska se aiheuttaa tulipaloriskin ja voi vaurioittaa seinärakenteita.
Paras paikka on erillinen polttopuun ulkovarasto eli puuliiteri. Jos puuliiteristä on etäisyyttä muihin rakennuksiin yli 8 metriä, ei ylimääräisiä rajoituksia liiterin rakenteille ole. Muuten täytyy puuvarasto yleensä osastoida omaksi palo-osastoksi, ja pintamateriaaleille on omat vaatimuksensa. Nämä palo- ja rakennustekniset vaatimukset vaihtelevat paikkakuntakohtaisesti, ja ne kannattaa tarkistaa paikallisilta palo- ja rakennusviranomaisilta.
Kunnon puuliiteri on rakenteeltaan harva. Ilman tulee päästä kiertämään pinojen alla, ympärillä ja välissä. Pinon alle on hyvä latoa aluspuut. Jos seinä on tasainen, seinän ja pinon väliin sijoitetaan ohuet rimat ilmankierron varmistamiseksi ja homehtumisen estämiseksi. Hyvään puuliiteriin mahtuu vuoden polttopuut kerralla.